El Príncipe de Persia, convertido ya en un experimentado guerrero, regresa de la Isla del Tiempo a Babilonia con su amor, Kaileena, pero en lugar de la paz que anhela encontrará su patria devastada por la guerra y totalmente volcada en su contra. tras ser rápidamente capturado, Kaileena no tendrá más remedio que sacrificarse y liberar las Arenas del Tiempo para salvarlo. 666y36

Arrojado a las calles y perseguido como un fugitivo, el Príncipe descubrirá enseguida que las batallas anteriores han dado lugar a un letal Príncipe Oscuro cuyo espíritu le posee gradualmente y pugna por hacerse con el control. Una doble personalidad que, sin embargo, podría convertirse en el poder necesario para recuperar el control. Eso, claro, si lograra dominarlo...