A causa de los poderes desatados por el maligno General Scales, el otrora pacífico Dinosaur Planet, un planeta remoto del límite del sistema Lylat, se halla al límite de su propia destrucción. ¿No eran situaciones como éstas el tipo de cosas de las que se encargaba el equipo Star Fox? ¡Pues en marcha! 506i25

A pesar de la ausencia de Falco, y cambiando el clásico estilo de shooter desenfrenado por el de una aventura mucho más pausada basada en la esencia de The Legend of Zelda, Fox McCloud recorrerá los preciosos confines del planeta en busca de la ayuda sagrada de los antiguos espíritus Krazoa, convertidos ahora en la única esperanza de librar Dinosaur Planet de su fatídico destino.